一八七四年(明治七年)出兵臺灣的日本遠征軍,於臺灣南部牡丹社登陸,士兵因感染瘧疾、痢疾等俗稱「臺灣熱」傳染病,死亡的人數遠遠高出戰死人數的幾十倍之多。在日本殖民臺灣之前,島內還存在著鼠疫、霍亂、傷寒、天花、流行性腦脊髓膜炎、恙蟲病,以及因寄生蟲而引發的疾病和皮膚病等,可說是疫病之島。

幸運的是,由後藤新平出任臺灣第三任的民政長官,他在思考力、行動力和經驗度上,都是十分優秀的人物。
後藤新平原是一位醫師,當時在西南戰爭凱旋歸來的士兵出現霍亂的傳染病,後藤氏曾自願擔任撲滅霍亂的工作。其後,後藤氏深刻體會到日本對於傳染病的防治與對策十分落後,向政府建言當下的緊急對策,因而被拔擢為內務省衛生局長。後藤新平在赴任臺灣的翌年(殖民統治第四年)建立醫學校,並於隔年在各地廣設醫院,非常迅速地整建由總督府直轄的醫療機關系統。