原籍高雄，出生於台中大甲，二次大戰期間留學日本東京帝大時遭空襲美機炸斷左臂，戰後返台入台大政治系，一九五三年取得加拿大麥基爾大學航空法碩士，一九五四年取得法國巴黎大學博士學位，返台後任教於台大，一九六一年任台大政治系主任。
一九六四年與學生魏廷朝、謝聰敏發表「台灣人民自救運動宣言」，遭國民黨政府逮捕，判刑八年，一九六五年蔣介石在國際輿論壓力下下令特赦，獲釋後遭嚴密監視，一九七○年化裝逃亡瑞典，旋抵美國；曾任台灣人公共事務協會（FAPA）會長、亞太民主協會理事長。
一九九二年返台，一九九四年成立彭明敏文教基金會，一九九六年代表民進黨競選台灣總統，一九九六年成立建國會，擔任會長。二○○○年受邀出任總統府資政，並接任亞洲太平洋自由民主聯盟秘書長。二○○六年獲頒日本關西學院大學名譽博士學位。
二○一四年共同發起成立《民報》，受聘榮譽顧問。二○一五年辭卸彭明敏文教基金會董事長，由鄭義和先生繼任。二○一六年與陳永興醫師同獲北美洲教授協會頒發廖述宗教授紀念獎。
